„Varpelio“ veiklos pradžia siekia 1956 m., kuomet Kauno profsąjungų kultūros rūmuose įkurtas berniukų choras.

1956 – 1966 m. – Kauno profsąjungų kultūros rūmų vaikų (vėliau berniukų) choro (60–70 dalyvių) vadovas- Povilas Žemaitis.

1966–1979 m. – Kauno profsąjungų kultūros rūmų berniukų ir jaunuolių choro „Varpelis“ meno vadovas ir dirigentas -Donatas Jokūbonis. Sutvirtino kolektyvą, naujais kūriniais papildė repertuarą, daug koncertavo Lietuvoje ir svetur. 1970 ir 1975 m. respublikinių dainų švenčių konkursuose „Varpelis“ pelnė pirmąsias vietas, dalyvavo 1974 m. V Baltijos berniukų chorų sąskrydyje Taline ir 1976 m. berniukų ir vyrų chorų dainų šventėje Tartu (Estija) mieste. Didelio pasisekimo „Varpelis“ susilaukė 1975 ir 1978 m. tarptautiniuose vaikų chorų festivaliuose Veimare (Vokietija). „Varpelis“ meniškai atlikdavo sudėtingus kūrinius: Giedriaus Kuprevičiaus vokalinius ciklus „Metų sonetai“ ir „Gėlių dainos“, Viktoro Budrevičiaus kantatą „Tėvų keliais“, Johano Sebastiano Bacho kantatą „Magnificat“, G. Pergolesi „Stabat Mater“,Valentino Bagdono „Pievų dainas“ ir kt.

Nuo 1962 m. – Kauno profsąjungų kultūros rūmų berniukų choro „Varpelis“ chormeisteris- Alfonsas Kazlauskas 1979–1983m. – meno vadovas ir dirigentas. Toliau plėtojo kolektyvo kūrybinį ir koncertinį gyvenimą; be daugelio klasikinių ir šiuolaikinių kūrinių, 1981 m. birželio 5 d. Kauno filharmonijoje berniukai atliko V. A. Mocarto Mišias C-dur. „Varpelį“ A. Kazlauskas parengė 1980 m. respublikinei dainų šventei – konkurse pelnė antrąją vietą, Baltijos respublikų berniukų chorų 1981 m. sąskrydžiui Tartu, 1982 m. berniukų chorų šventei Kaune. 1982 m. respublikiniame chorų konkurse „Dainuoja darbo Lietuva“ berniukai laimėjo antrąją vietą. Jie koncertavo Kaune, Vilniuje, Klaipėdoje, Palangoje, 1982 m. –Rygoje ir Veimare (Vokietija), dalyvavo kompozitoriaus Viktoro Kuprevičiaus gimimo 80-ųjų metinių minėjimo jubiliejiniame koncerte (1981 m. sausio 26 d.).

Nuo 1983 m. chorui vadovauja meno vadovas Ksaveras Plančiūnas. Jo pastangomis saviveiklinis choras reorganizuotas studijinės veiklos principu, parengtas projektas ir įkurta berniukų chorinio dainavimo mokykla.

Palaikomi šalies ir Kauno visuomenės, „Varpelio“ choro bendruomenės darbo dėka, buvusios gamyklinės patalpos pritaikytos ugdymui. 1989m. spalio 1d. įsteigtoje Kauno berniukų chorinio dainavimo mokykloje „Varpelis“ pradėjo mokytis 60 berniukų. Tuo metu dirbo 15 mokytojų, mokyklos direktore paskirta chormeisterė Halina Abramavičienė. 

1998 m. „Varpelio“ juridinę priklausomybę bei steigėjo teises ir finansavimą iš Kauno kultūros rūmų, Kauno miesto tarybos kultūros ir švietimo komiteto nutarimu, perėmė Kauno miesto švietimo ir ugdymo skyrius. Vyrų choras „Varpelis“ liko Kauno Kultūros rūmų saviveiklinių kolektyvų gretose.

2004 m. gruodžio 18 d. mokykla filharmonijoje paminėjo 15 metų sukaktį. Per šį laikotarpį pagrindinio muzikinio ugdymo kursą baigė 120 jaunuolių, iš jų maždaug penktadalis pasirinko muziko profesiją, nemaža dalis absolventų dainuoja miesto ir Lietuvos meniniuose kolektyvuose. Berniukų ir jaunuolių choro „Varpelis“ ir kamerinio orkestro „Varpelis“ veiklos pobūdis yra koncertinis, šviečiamasis, prevencinis. Chore nuo 4 klasės dainuoja visi besimokantys muzikos mokykloje mokiniai, mokyklos absolventai ir choristai, pasirinkę muzikos mėgėjų ugdymo programos kursą; orkestre groja profesionalūs muzikantai – Kauno muzikos mokytojai ir Muzikinio teatro orkestro artistai. Orkestro įkūrėjas (1995 m.) ir meno vadovas – Ksaveras Plančiūnas.

„Varpelis“ yra Kauno miesto renginių, Kauno bei respublikinių Dainų švenčių dalyvis. Koncertinė veikla, pastovūs kontaktai su giminingais meniniais kolektyvais, ypač su Europoje žinomais berniukų chorais, bendradarbiavimas, kultūriniai mainai, partnerystė Lietuvoje ir užsienyje, plėtoja choro meninį meistriškumą, praturtina repertuarą pasauline chorine muzika.

„Varpelio“ bendruomenės indėlis į kultūrinį Lietuvos gyvenimą, puoselėjamas chorinio dainavimo tradicijas ir Lietuvos choro meno atstovavimą užsienyje, įvertintas gausiais padėkos raštais. Lietuvos Respublikos prezidento žmona Alma Adamkienė išreiškė padėką už respublikos chorų akcijos „Lietuvos berniukai prieš smurtą ir narkomaniją“ organizavimą Kaune.

Katalikų bažnyčios kunigų įvertintas „Varpelio“ dėmesys jaunimo problemų prevencijai bei pagarba katalikiškoms vertybėms. Muzikos mokyklų kolektyvų vadovų, rajonų švietimo skyrių, miestų bei rajonų savivaldybių merų, Lietuvos chorų sąjungos, Liaudies kultūros centro, įvairių festivalių organizacinių komitetų padėkos raštais įvertinta „Varpelio“ vadovų ir pedagogų metodinė parama, svarus indėlis kuriant švietimo kaitos projektus, iniciatyvos ir pagalba organizuojant ir įgyvendinant renginius.

Danijoje, Ispanijoje, Italijoje, Vokietijoje, Lenkijoje, Prancūzijoje choras pelnė aukštų institucijų pagarbą ir padėką už turiningą tarptautinį bendradarbiavimą, aukšto profesinio meistriškumo chorinės muzikos atlikimą.

 

1990 m. Kunigas Ričardas Mikutavičius palaimino kolektyvą ir pašventino parengtas ugdymui mokyklos patalpas D. Poškos g. 4.

 

1998 m. kovo 16 d. Kauno miesto tarybos Kultūros ir švietimo komiteto  protokoliniu nutarimu Nr. 30 nutarta Švietimo ir ugdymo skyriui perimti iš Kultūros Rūmų berniukų ir jaunuolių choro „Varpelis“ juridinę priklausomybę bei steigėjo teises ir finansavimą, choro veikla prijungta prie mokyklos. „Varpelio“ koncertiniai kolektyvai neteko galimybės naudotis buvusių profsąjungos rūmų patalpomis, sustabdyta vyrų choro „Varpelis“ veikla.

2014 m. Kauno berniukų chorinio dainavimo mokykla „Varpelis“ šventė 25-ių metų jubiliejų. Jubiliejinių metų renginiai apjungė visas berniukų kartas baigusias mokyklą, o juos vainikavo 2015 m. vasario 9 d. Kauno rotušėje įvykęs mokytojų pagerbimo renginys, kurio metu buvo įteikti mero padėkos raštai bei Kauno miesto burmistro Jono Vileišio žalvariniai bei pasidabruoti medaliai ilgamečiams mokyklos mokytojams ir vadovams.Nuo mokyklos įkūrimo pradžios jau ne vienas absolventas pasirinko muzikinį kelią, bendradarbiaujama su Lietuvos ir užsienio meno kolektyvais, bendrai įgyvendinami vietiniai ir tarptautiniai projektai.